非淋球菌性尿道炎是指男女尿道感染了除淋球菌以外的病原体引起的炎症。在临床上，由于患者未能及时、规则地治疗，使得本病缠绵难愈，有可能产生下列并发症：
①附睾-睾丸炎：临床可见附睾及睾丸肿大，触之发硬且疼痛明显，阴囊水肿，输精管变粗，抽取水肿之液体可分离出病原体。这是男性非淋球菌性尿道炎的主要并发症，其常与尿道炎同时存在。
②前列腺炎：非淋菌性前列腺炎是常见、复杂而又难治的并发症，有急、慢性之分，但大多数表现为慢性过程，如后尿道、会阴、肛门等部位坠胀、钝痛感，尚可放射到横膈以下各部，从而亦可产生性功能障碍。直肠指检可触及肿大、压痛的前列腺；
③ Reiter 综合征：即关节炎、结膜炎、尿道炎三联征。为非淋菌性尿道炎的部分合并症，可能还与遗传因素或自身免疫有关；
④其它：如眼色素膜炎、强直性脊柱炎，则相对较为少见。
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