非淋菌性尿道炎久治不愈的原因
一、由于非淋菌性尿道炎的潜伏期比较长，自觉症状比较轻或无明显，而常被忽视治疗。错过佳治疗时机，以致病情迁延或伴有并发症，久治不愈。
二、治疗非淋菌性尿道炎时，用药不规范，治疗不彻底，导致久治不愈。大多数病人被确诊后，经过数天用药，症状有改善或消失，便以为是非淋已治愈而较早停药，但事隔不久症状又出现。
三、反复地使用广谱抗生素导致体内菌群失调，免疫力下降时，可能会诱发出霉菌尿道炎或霉菌性龟头炎等新疾病感染，导致了治疗非淋菌性尿道炎困难，久治不愈。
四、病原体出现耐药性。有些患者感染初期不正规治疗或药量不足引起病原体发生变异，出现耐药菌株。如果已经发生变异，出现耐药的病原体传染给下一个受害者，那么这一受害患者一开始感染的就是对抗生素产生耐药性的病原体，使用抗生素治疗效果则不理想，久治不愈。
五、非淋菌性尿道炎没有夫妻同治，造成相互传染或重复感染。一般来说，尿道炎男性患者症状明显，易于发现；女性较轻，易于被忽视。为了避免这一情况的发生，好是夫妻同检查、同治疗，以免形成乒乓式传播，久拖难愈。
六、患者自身不良的习惯。有些患者不慎感染非淋菌性尿道炎，未经规范治疗或在治疗的同时，平常不注意加强身体锻炼，不注意调整生活规律，性生活过度、或经常的熬夜酗酒等不良的生活习惯，都会加大了非淋菌性尿道炎的治疗难度。
七、包皮过长、包茎的病人，包皮腔内潮湿，其温度、湿度有利病原体生长滞留，且易患龟头炎、尿道炎，部分病人可合并尿道狭窄，排尿时尿道内压力增高，以致尿道内病原体随尿液逆行，这也可能是非淋菌性尿道炎反复发作而难以根治的部分原因，由于做包皮环切术后治疗非淋菌性尿道炎效果明显优于未行环切术的患者。
从辩证观点，治疗非淋菌性尿道炎
男科医师临床上研究一致得出结论：对非淋性尿道炎患者要做到及时治疗，足量用药，延长疗程，减少复发，控制炎症扩散，避免合并症的发生。治疗期间，注重给尿道炎症的治疗同时抑制合并症的发生。通过调整人体神经和免疫系统的应激能力，既快速缓解患者临床症状，减轻痛苦，同时增强机体的免疫功能，保护其它组织及器官不受到累及，消除引发合并症的病因。
若是病情比较严重而且伴有前列腺炎，附睾炎，睾丸炎，宫颈炎，宫颈糜烂，子宫内膜炎等合并症，病因复杂的病症，应要采用灵活辨证，因人施治，祛邪治病与调理扶正相结合的综合治疗。使久治不愈的非淋菌性尿道炎患者得到彻底根治。
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