生殖器官检查包括有无生殖器官畸形（如尿道下裂等），睾丸的位置、弹性、大小，附睾是否饱满、有无尾部结节，输精管有无串珠样结节，阴囊内有无精索静脉曲张、鞘膜积液、疝气等。
１、阴茎检查阴茎的大小、形态、位置及有无畸形（阴囊后阴茎、双阴茎以及小阴茎、都属极为罕见的先天性阴茎畸形），能否勃起、勃起硬度。包皮有无过长或包茎，阴茎头有无红肿、糜烂、溃疡、与包皮粘连或包皮系带过短，尿道口有无狭窄、异位及分泌物。触摸阴茎海绵体有无肿块、硬结。
２、阴囊及内容物阴囊皮肤有无溃疡、窦道、坏死及肿瘤。有无阴囊血肿、炎性水肿、象皮肿。注意有无阴囊畸形，会阴型尿道下裂可将阴囊纵行分开，两性畸形患者见不到阴囊，隐睾患者阴囊不发育。检查阴囊内容物易发现精索静脉曲张，交通性鞘膜积液和斜病。
３、睾丸容积与精液质量及血清男生殖激素水平有显著的正相关。因此测量睾丸体积对了解睾丸的发育，估计睾丸病理损害程度，对反映睾丸的内分泌状态，评估男性生育力都有一定意义。对大多数患者经过触诊就可判断睾丸体积是否在正常范围，对小睾丸者可通过定期就诊时测量观察治疗效果。
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