以商业挂帅的香港医疗集团，经营手法常为人诟病。一名曾在5、6间医疗集团行医的医生大爆医疗集团“黑幕”，包括规限医生只可向持医疗卡的病人提供平价药物；限制处方2、3天药量，有病人先后两次求诊，方获7天疗程的抗生素药物。
他称，过去常有持医疗卡的病人被迫求诊两次，才获足够7天疗程的抗生素药物，“医疗卡讲明每次求诊只处方2至3天药物。”他说，医疗卡的诊费中，有4至6成是拨作医疗集团的行政费，3、4成为医生诊金，不足1成才是药费，“如果诊金是200元的话，当中只有10多元是药费。”他说，医疗集团使用的药物，通常来自香港药厂的平价药，或来自印度及越南等地。
他批评，医疗集团会大批购入药物，再分配到不同诊所分店，惟终药物出事，责任却落在诊所的医生身上；由于必须以医生名义订购药物，他称曾有医疗集团要求他以个人名义，购入大量安眠药，再分发给其它诊所，“我坚持不做，唯有辞工走人。”
他直言，受雇的医生只是“打工仔”，必须按集团的指示办事，惟一旦出现医疗事故，被医务委员会控告的人却是医生，集团董事根本不用“上身”。而过去曾有新入职的医生对医疗集团的宣传政策懵然不知，结果该医生被医委会控告涉嫌宣传及卖广告，后更被定罪。
香港医学会会长谢鸿兴指出，医管局未必有足够空缺接收刚毕业的医生，倘若自立门户开设诊所，则动辄数十万元，因此医疗集团成为医科毕业生容身之所。他说，经常接获受雇于医疗集团的年轻医生求助个案，“睇症之余，还要推销健康产品。”
医学界立法会议员梁家骝表示，计划下个立法年度，以私人草案形式提交《2009年医生注册(修订)条例案》，要求经营医疗业务公司向卫生署注册，当中过半数董事须为注册医生，目前正询问不同界别意见。
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