性病性淋巴肉芽肿在不同病期，应与不同的疾病相鉴别。早期症状，主要与生殖器疱疹、初期梅毒、软下疳、腹股沟肉芽肿以及其他原发性或继发性感染等疾病鉴别开来。晚期时候，会有肛门直肠病变可能，应与腹股沟肉芽肿、痔、尖锐湿疣、化脓性汗腺炎、溃疡性和炎症性结肠疾病、丝虫病以及肛门和直肠癌等鉴别。特别要注意：当患者是出现淋巴结病时，应与恶性肿瘤（淋巴瘤、转移癌）和其他感染性疾病如猫抓病、结核病、单核细胞增多症、土拉菌病等相鉴别。
性病性淋巴肉芽肿各个时期症状
一、潜伏期：有不洁性交史，潜伏期7-10天。
二、早期症状：初疮多发生在男性阴茎体、龟头、冠状沟及包皮，女性阴道前庭、小阴唇、阴道口、尿道口周围的5-6mm的极小疱、溃疡、常为单个，有时数个，无明显症状，数日不愈，愈后不留瘢痕。亦可发生于肛周，口腔等处。
三、中期症状，初疮出现1-4周后，男性腹股沟淋巴结肿（第四性病性横痃），疼痛，压痛，粘连，融合，可见“槽沟征”（腹股沟韧带将肿大的淋巴结上下分开，皮肤呈出槽沟状）。数周后淋巴结软化，破溃，排出黄色浆液或血性脓液，形成多发性瘘管，似“喷水壶状”，数月不愈，愈后留下疤痕。女性初疮多发生于阴道下部，向髂及直肠淋巴结回流，引起该部淋巴结炎，直肠炎，临床可有便血、粘液血便、腹痛、腹泻、里急后重及腰背疼痛，形成肛周肿胀、瘘管、直肠狭窄及大小阴唇象皮肿等。
四、晚期症状：数年或数十年后，长期反复性的腹股沟淋巴管（结）炎可致阴部象皮肿、直肠狭窄等。
五、全身症状：淋巴结肿大化脓期间可有寒战、高热、关节痛、乏力及肝脾肿大等全身症状。亦有皮肤多形红斑，结节性红斑，眼结膜炎，无菌性关节炎，假性脑膜炎。
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